FMIPA Unnes memiliki tiga gedung berlantai tiga untuk memfasilitasi kegiatan administrasi, yaitu Gedung D5, D6, dan D7.

Gedung D5 merupakan gedung Dekanat yang meliputi:

  • Ruang tata usaha fakultas;
  • Ruang pimpinan fakultas;
  • Ruang rapat pimpinan dan senat fakultas;
  • Ruang pertemuan;
  • Ruang Ketua dan Sekretaris Prodi Pendidikan IPA.

Gedung D6 untuk ruang pimpinan dan dosen Jurusan Biologi, ruang pimpinan dan dosen Jurusan Kimia, ruang pertemuan Jurusan Kimia, dan ruang pertemuan Jurusan Biologi. Gedung D7 untuk ruang pimpinan dan dosen Jurusan Matematika, ruang pimpinan dan dosen Jurusan Fisika, dan ruang pertemuan Jurusan Fisika.