FMIPA Unnes memiliki empat gedung laboratorium berlantai tiga yang digunakan untuk memfasilitasi kegiatan laboratorium, yaitu:

– Gedung D8 (Laboratorium Kimia);
– Gedung D9 (Laboratorium Fisika);
– Gedung D10 (Laboratorium Matematika); dan
– Gedung D11 (Laboratorium Biologi).

Setiap laboratorium tersebut telah dilengkapi dengan berbagai macam alat & bahan laboratorium yang digunakan untuk menunjang kegiatan praktikum sesuai dengan kebutuhan masing-masing.