Selain perpustakaan pusat yang menempati gedung G, setiap jurusan di FMIPA Unnes telah mengembangkan perpustakaan. Setiap perpustakaan jurusan tersebut telah terintegrasi melalui jaringan internet dengan perpustakaan pusat, sehingga mahasiswa dapat secara leluasa mengakses bahan pustaka baik yang ada di perpustakaan pusat maupun di perpustakaan jurusan lain.