Organisasi Kemahasiswaan dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam terdiri dari 8 (delapan) Lembaga Kemahasiswaan, 7 (tujuh) Unit Kegiatan Mahasiswa, dan 23 (dua puluh tiga) Badan Semi Otonom.
Lembaga Kemahasiswaan terdiri dari:
- Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas (BEMF)
- Dewan Perwakilan Mahasiswa Fakultas (DPMF)
- Lembaga Kemahasiswaan di tingkat jurusan.
Adapun Lembaga di tingkat jurusan tersebut diantaranya :
- Himpunan Mahasiswa Matematika
- Himpunan Mahasiswa Biologi
- Himpunan Mahasiswa Kimia
- Himpunan Mahasiswa Fisika
- Himpunan Mahasiswa IPA
- Himpunan Mahasiswa Ilkom.
Setiap himpunan mahasiswa (Hima) di jurusan memiliki lembaga kemahasiswaan yang setara yaitu Badan Pengawas Hima (BPH).
Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) yang ada di Fakultas matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam terdiri dari:
- Pramuka
- Student Scientific Center
- Bina Vokalia
- Forum Mahasiswa Islam
- Ikatan Mahasiswa Bidikmisi
- Mathematics English Club, dan Kewirausahaan.
Badan Semi Otonom (BSO) yang ada di Fakultas matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam sebanyak 23 (dua puluh tiga) yang dimiliki oleh Hima di masing-masing jurusan yaitu:
- Mathematics Study Club
- Mathematics English Club
- Mathematics Jurnalistik Club
- Kelompok Ilmiah Matematika
- SIGMA
- The Mate
- Palafi (Pecinta Alam Fisika)
- Kosmik (Kelompok Studi Fisika)
- FKIF (Forum Kajian Islam Fisika)
- Pelatuk Bird Study Club
- Jasmina Study Center
- Familia
- Cempaka Bio Farm
- Chevent (Pecinta Alam)
- Kelompok Ilmiah Kimia
- Sie Kerohanian Islam
- Morse
- KIIT (Keilmiahan)
- Sceva (Pecinta Alam)
- Alhusna
- Screenshot
- Palatikom
- I-Secret.