Pelaksana penjaminan mutu pada tingkat universitas (UNNES) adalah Badan Penjaminan Mutu (BPM), sedangkan pada tingkat fakultas adalah Gugus Penjaminan Mutu (GPM). Dalam melaksanakan tugasnya GPM dibantu oleh Tim Penjaminan Mutu (TPM) di tingkat Jurusan/Program Studi. Pengelola Gugus Penjaminan mutu diusulkan oleh Dekan dan ditetapkan oleh Rektor, untuk masa tugas selama satu tahun.  Struktur organisasi Gugus Penjaminan Mutu FMIPA sebagai berikut.

Struktur Organisasi Gugus Penjaminan Mutu FMIPA

SPMI Fakultas

Sistem penjaminan mutu internal (SPMI) FMIPA di bawah koordinasi Badan Penjaminan Mutu (BPM). SPMI dilaksanakan dengan tujuan untuk memastikan proses pelaksanaan akademik di lingkungan internal berjalan sebagaimana mestinya berdasarkan standar yang ditetapkan. Selain bidang akademik, penjaminan mutu internal juga dilakukan pada bidang non-akademik (administrasi umum, kemahasiswaan, dan kerjasama).

GPM bertugas membantu Dekan dalam pelaksanaan kegiatan penjaminan mutu tingkat fakultas di bawah koordinasi Wakil Dekan Bidang Akademik (WD-1), yaitu: (i) mengawal proses penetapan dan pemenuhan standar mutu/sasaran mutu pengelolaan unit di lingkungan FMIPA secara konsisten dan berkelanjutan, (ii) melakukan monitoring terhadap seluruh pelaksanaan program dan kegiatan, baik bidang akademik maupun non-akademik di setiap unit di lingkungan FMIPA, (iii) melakukan evaluasi secara periodik terhadap pelaksanaan seluruh aktivitas penyelenggaraan program dan kegiatan di FMIPA, (iv) membuat laporan dan rekomendasi tindakan korektif secara periodik kepada Dekan atas hasil monitoring dan evaluasi yang dilaksanakan, (v) melakukan verifikasi terhadap laporan evaluasi diri yang dibuat setiap tahun oleh unit di lingkungan FMIPA. 

Pada tingkat jurusan, penanggungjawab TPM adalah Ketua Jurusan. Anggota GPM merangkap sebagai koordinator TPM di jurusan, dan anggotanya dibentuk sesuai kebutuhan jurusan.  Tugas TPM adalah membantu Ketua Jurusan,  yaitu: (i) melakukan monitoring pelaksanaan seluruh kegiatan akademik dan non-akademik di lingkup jurusan/program studi agar dapat memenuhi standar mutu dan sasaran mutu yang telah ditetapkan, (ii) melakukan evaluasi bersama Ketua Jurusan untuk tindakan korektif yang lebih dini terhadap pelaksanaan seluruh aktivitas penyelenggaraan akademik dan non-akademik di lingkup jurusan/program studi, (iii) pengkoordinasian pembuatan laporan evaluasi diri mengikuti standar-standar dan indikator yang telah ditentukan. 

Pelaksanaan penjaminan mutu internal di FMIPA didukung dengan dokumen mutu yang disusun oleh BPM terdiri atas 12 (dua belas) standar mutu, yaitu: (1) bidang akademik, (2) penjaminan mutu, (3) kepegawaian, (4) sarana prasarana, (5) laboratorium, (6) penelitian, (7) pengabdian kepada masyarakat, (8) kemahasiswaan, (9) kerjasama, (10) perencanaan, (11) perpustakaan, dan (12) PTIK. Instrumen yang digunakan mengacu pada SM ISO 9001:2015 terdiri dari: Kebijakan Mutu (KM), Manual Mutu (MM), Prosedur Mutu (PM), Instruksi Kerja (IK), dan Formulir mutu (FM). Dokumen FM yang dikembangkan oleh BPM dapat diunduh pada link sebagai berikut http://bpm.unnes.ac.id/download-2/dokumen-iso-2/formulir-mutu-fm/. Sedangkan untuk prosedur mutu dapat diunduh melalui link berikut http://bpm.unnes.ac.id/download-2/dokumen-iso-2/prosedur-mutu-pm/

Dalam implementasi sistem penjamin mutu internal, GPM dan TPM berkoordinasi untuk mencapai sasaran mutu atau kontrak kinerja yang ditetapkan. Setiap akhir tahun, fakultas, jurusan/program studi mengisi borang SPMI, kemudian dilakukan Audit Mutu Internal (AMI) oleh BPM untuk memastikan apakah terdapat kesesuaian antara realisasi yang dicapai dengan target yang telah ditetapkan pada awal tahun. Hasil AMI digunakan sebagai bahan evaluasi bagi pelaksanaan program dan kegiatan yang telah ditetapkan baik di tingkat fakultas maupun program studi. Hasil audit internal ditindaklanjuti untuk perbaikan berkelanjutan.